Comme les autres travailleurs indépendants, l'auto-entrepreneur est affilié au régime social des indépendants (RSI) pour sa protection sociale. C'est au RSI qu'il doit payer ses cotisations sociales, mensuellement ou trimestriellement.
L’auto-entrepreneur se distingue des autres indépendants par un régime simplifié de paiement de ses charges qui le lui est dédié : le régime "micro-social". Il lui permet de verser ses cotisations au fur et à mesure de la perception de ses recettes, et non avec un décalage d'un an, comme les autres entrepreneurs individuels.
À l'instar de tout assuré social, l'auto-entrepreneur est aujourd'hui confronté au désengagement croissant de la sécurité sociale en matière de prise en charge des dépenses de santé. Pour y faire face, il lui est recommandé de souscrire un contrat de complémentaire santé. L’auto-entrepreneur a accès aux contrats Madelin pour améliorer sa protection en matière de santé, de prévoyance et de retraite. L’avantage majeur de ces contrats, les cotisations payées chaque année sont déductibles des bénéfices imposables, dans certaines limites.
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